La certification des comptes introduit directement ou indirectement des changements dans l’organisation et les méthodes de travail des établissements. La mission du commissaire aux comptes consiste à « certifier que les comptes annuels sont, au regard des règles et principes comptables français applicables aux hôpitaux publics, réguliers et sincères et donnent une image fidèle du résultat des opérations de l’exercice écoulé ainsi que de la situation financière et du patrimoine de l’établissement à la fin de l’exercice ». Pour cela, le commissaire aux comptes effectue de nombreux travaux visant principalement à comprendre, évaluer et vérifier ce qui est réalisé par l’hôpital pour établir les comptes d’un exercice donné. Il doit être considéré comme un partenaire qui aide à faire progresser l’organisation et la qualité de l’information financière produite, et non comme un « contrôleur de plus ».
La certification des comptes fait largement évoluer l’organisation administrative et comptable de l’établissement, notamment par : la prise de conscience accrue du rôle joué par les acteurs des directions fonctionnelles mais aussi par beaucoup d’opérationnels dans la maîtrise des processus et des risques associés contribuant à l’élaboration de l’information comptable et financière, au-delà de la seule direction des finances ; une meilleure transversalité entre la direction des affaires financières (DAF) et les autres directions fonctionnelles sur des sujets budgétaires et comptables ; la documentation des processus et des contrôles internes par l’ensemble des services concernés ; l’intégration de la dimension « système d’information » dans la documentation des processus et l’implémentation des contrôles les plus pertinents ; la traçabilité des principaux contrôles effectués ; la mise en place de plans de contrôle (ou contrôles de deuxième niveau) avec, dans certains cas, la mise en place d’une fonction d’audit interne ; une plus grande anticipation des traitements comptables afin ...
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